Dois anos se passaram desde que o Sam Witwicky e os Autobots salvaram a raça humana dos Decepticons invasores. Agora ele está se preparando para o maior desafio de sua vida: deixar sua casa e ir para a universidade. Apesar de seu extremo heroísmo, a batalha de Mission City se tornou uma lenda urbana, acreditada somente pelos teóricos da conspiração. Já na universidade, Sam faz o melhor que pode para se adaptar até que, repentinamente, ele é perturbado por visões que brilham em seu cérebro como raios. Os Decepticons logo ficam sabendo o que Sam ainda não sabe; que somente ele possui a chave para o resultado da luta entre o mal e o supremo poder do bem.
